癥狀：主要為害水稻根節部和莖基部。水稻分蘗期發病 常在近土表莖基部葉鞘上產生水浸狀橢圓形斑，漸擴展為邊緣褐色、中間枯白的不規則形大斑，剝去葉鞘可見根節部變黑褐，有時可見深褐色縱條，根節腐爛，伴有惡臭，植株心葉青枯變黃。拔節期發病 葉片自下而上變黃，近水面葉鞘邊緣褐色，中間灰色長條形斑，根節變色伴有惡臭。穗期發病 病株先失水青枯，后形成枯孕穗、白穗或半白穗，根節變色有短而少的側生根，有惡臭味。 水稻細菌性基腐病的獨特癥狀是病株根節變為褐色或深褐色腐爛。別于細菌性褐條病心腐型、白葉枯病急性凋萎型及螟害枯心苗等。該病常與小球菌核病、惡苗病、還原性物質中毒等同時發生;也有在基腐病株枯死后，惡苗病菌、小球菌核病菌等腐生其上。該病主要通過水稻根部和莖基部的傷口侵入。生產上只要抓準基腐病這三個獨特癥狀，是能與上述病害區別開來的。
病原：病原為菊歐文氏菌玉米致病變種 Erwinia chrysanthemi pv.zeae (Sabet) Victria, Arboleda et Munoz.，屬細菌。
發病規律：細菌可在病稻草、病稻樁和雜草上越冬。病菌從葉片上水孔、傷口及葉鞘和根系傷口侵入，以根部或莖基部傷口侵入為主。侵入后在根基的氣孔中系統感染，在整個生育期重復侵染。早稻在移栽后開始出現癥狀，抽穗期進入發病高峰。晚稻秧田即可發病，孕穗期進入發病高峰。輪作、直播或小苗移栽稻發病輕。偏施或遲施氮素，稻苗嫩柔發病重。分蘗末期不脫水或烤田過度易發病。地勢低，粘重土壤通氣性差發病重。一般晚稻發病重于早稻。
防治措施：(1)選用抗病良種。如四梅2號、廣陸矮4號、矮粳23、浙福802、農林百選、鹽粳2號、武香粳、汕優6號、雙糯4號、中粳574、南粳34等可因地制宜地選用。
(2)培育壯苗，推廣工廠化育苗，采用濕潤育秧。適當增施磷、鉀肥確保壯苗。要小苗直栽淺栽，避免傷口。
(3)提倡水旱輪作，增施有機肥，采用配方施肥技術。
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