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　　棉籽種皮厚，一般在種皮表面附有短絨，導熱性很差，在低溫干燥條件下貯藏，壽命可達10年以上，在農作物種子中是屬于長命的類型。但如果水分和溫度較高，就很容易變質，生活力在幾個月內完全喪失。

　　(一)耐藏性好

　　成熟后的棉籽，種皮結構致密而堅硬，外有蠟質層可防外界溫、濕度的影響。種皮內含有約7.6%左右的鞣酸物質，具有一定的抗菌作用。所以，從生物學角度講，棉籽屬于長壽命種子。但是未成熟種子則種皮疏松皺縮，抵御外界溫、濕度的影響能力較差，壽命也較短。一般從霜前花軋出的棉籽，內容物質充實飽滿，種殼堅硬，比較耐貯藏。而從霜后花軋出的棉籽，種皮柔軟，內容物質松癟，在相同條件下，水分比霜前采收的棉籽為高，生理活性也較強，因此耐藏性較差。

　　棉籽的不孕粒比例較高，據統計，中棉約占10%左右，陸地棉約占18%左右。棉籽經過軋花后機械損傷粒比較多，一般占15%～29%，特別是經過軋短絨處理后的種子，機損率有時可高達30%～40%。上述這些種子本身生理活性較強，又易受貯藏環境中各種因素的影響，不耐貯藏。

　　棉籽入庫前，要進行一次檢驗，其安全標準為：水分不超過11%～12%，雜質不超過0.5%，發芽率應在90%以上，無霉爛粒，無病蟲粒，無破損粒，霜前花籽與霜后花籽不可混在一起，后者通常不作留種用。

　　(二)通氣性差

　　一般的棉籽表面著生單細胞纖維稱為棉絨。軋花之后仍留在棉籽上的部分棉絨稱為短絨，約占種子重量的55%左右，它的導熱性較差，具有相當好的保溫能力，不易受外界溫、濕度的影響。如果棉籽堆內溫度較低時，則能延長低溫時間，相反堆內的熱量也不易向外散發。短絨屬于死壞物質易吸附水分子，在潮濕條件下易孽生霉菌，相對濕度在84%～90%時霉菌生長很快，放出大量熱量，積累在棉籽堆內而不能散發引起發熱，干燥的棉籽很容易燃燒，在貯藏期間要特別注意防火工作。

　　(三)含油分多，易酸敗

　　棉籽的脂肪含量較高，約在20%左右，其中不飽和脂肪酸含量比較高，易受高溫、高濕的影響使脂肪酸敗。特別是霜后花中軋出的種子，更易酸敗而喪失生活力。棉籽入庫后的主要害蟲是棉紅鈴蟲，幼蟲由田間帶入，可在倉內繼續蛀食棉籽，危害較大。幼蟲在倉內越冬，到第2年春暖后羽化為成蟲飛回田間。因此，棉籽入庫前后做好防蟲滅蟲工作十分重要。

　　留種用的棉籽短絨上會帶有病菌，可用脫短絨機或用濃硫酸將短絨除去，以消除這些病菌，并可節約倉容，來春播種時也比較方便，種子不至互相纏結，使播種落子均勻，對吸水發芽也有一定促進作用。但應注意脫去絨的棉籽在貯藏中容易發熱，須加強檢查和適當通風。